Im Rahmen des Full_Force Projektes wurden Strategien zur Aufschlüsselung vollständiger bakterieller Genome untersucht. Der Fokus lag dabei u.a. im Vergleich verschiedener Methoden der Genomsequenzierung (ONT bzw. PacBio), aber auch in der Verlässlichkeit bzw. Glaubwürdigkeit von Assemblierungsalgorithmen für die Zusammensetzung der gewonnenen Sequenzen. Am
BfRkurz fürBundesinstitut für Risikobewertung wurden verschiedene bakterielle Genomsequenzen für multiresistente
Escherichia coli generiert und den Projektpartner für Vergleichsanalysen zur Verfügung gestellt. Darüber hinaus wurden Isolate bereitgestellt, die für vergleichende Sequenzierungsuntersuchungen in verschiedenen Instituten verwendet worden sind. Der Abgleich der Daten der einzelnen Labore zur Variabilität und zur Abhängigkeit der Genomsequenzen von den angewandten Techniken lag in den Händen der DTU. Am
BfRkurz fürBundesinstitut für Risikobewertung wurden umfangreiche Untersuchungen u.a. zum Vorkommen und zur Diversität von Chinolon bzw. Fluorchinolon Resistenzplasmiden durchgeführt.
Escherichia coli Isolate aus dem Zoonosenmonitoring wurden mittels PCR hinsichtlich möglicher Resistenzgene überprüft und für Sequenzierungsuntersuchungen herangezogen. Ausgewählte Isolate wurden mittels PacBio sequenziert und dann für Vergleichsanalysen verwendet. Darüber hinaus wurden vielfältige Kooperationsprojekte mit anderen Partnern zum Vorkommen von spezifischen Plasmidtypen (z.B. IncK) durchgeführt. Hierfür wurden sowohl Isolate als auch Genomsequenzen bereitgestellt, die dann für Vergleichsuntersuchungen (One-Health Approach) verwendet worden sind. Das Projekt stellte die Grundlage für die Etablierung der long read Gesamtgenomsequenzierung am
BfRkurz fürBundesinstitut für Risikobewertung dar und ermöglichte einen Einblick in die Stärken und Schwächen der Sequenzierungstechnologien und damit verbundenen bioinformatischen Auswertung.